Software

Sistema operativo y gestión del cluster

salaEl sistema operativo empleado en todos los equipos es Linux Debian. Para administrar los recursos del cluster se emplea Torque como resource manager y Maui como scheduler. La administración de usuarios y almacenamiento de red se realiza con NIS/NFS.

Compiladores y bibliotecas

El cluster cuenta con las herramientas de desarrollo habituales de entornos Linux, incluyendo los compiladores GNU Fortran, C y C++, así como los compiladores de Intel (Fortran, C y C++). Cuenta con las bibliotecas usuales: Slapack, Blas, Atlas, MKL, etc. Para la ejecución en paralelo cuenta con OpenMP y MPI (OpenMPI y Mpich).

Aplicaciones disponibles

Aparte de la posibilidad de que cada usuario compile y ejecute su propio código, hay una batería de programas de cálculo prontos y disponibles para ejecutar por cualquier usuario habilitado, a saber:

Paquete  Versión  Descripción
AMBER 12 Molecular Dynamics
ADF 2012.01 Amsterdam Density Functional
Casino 2.8 Quantum Monte Carlo (QMC)
CPMD Ab Initio Molecular Dynamics, plane wave / pseudopotential implementation of DFT
Dalton 2.0 Ab Initio molecular properties calculation
Espresso 5.0 DFT Electronic Structure Calculations
Gaussian 2009 Ab Initio Electronic Structure Calculation
Molpro 2012.1 Ab Initio programs for Molecular Electronic Structure calculations
NAMD 2.7 Molecular Dynamics
NWChem 6.0 Ab Initio Electronic Structure of Molecules and Periodic Systems
Towhee 6.0 Monte Carlo Molecular Simulation
VASP Viena Ab Initio Simulation Package, electronic structure calculations and quantum-mechanical molecular dynamics
Wein2k 9.1 DFT electronic structure calculations of solids

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s